Игра S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl активно начала разрабатываться в 2003г. Первоначальное название игры было таким: S.T.A.L.K.E.R.: Oblivion Lost. Через некоторое время название было изменено на то, которое существует на данный момент. Связано это было с тем, чтобы повысить узнаваемость игры.
Игра создана по мотивам романа братьев Стругацких «Пикник на обочине» и по сюжету фантастического фильма «Сталкер», снятого Андреем Тарковским. Для получения нужного вдохновения, разработчики игры не один раз посещали Чернобыль.
В 2004г у игры появился новый, более современный движок, позволивший улучшить графичность игры. Изменения коснулись и скриптов, добавили возможность взаимодействовать с другими сталкерами – охотниками за артефактами. Ожидалось, что игра выйдет в свет в том же году, но это событие так и не состоялось. Причиной тому – «сырость» искусственного интеллекта и сложность при претворении в жизнь некоторых проектов и идей среди которых были и
онлайн игры космические. Выйти в свет 2004г игре помешала и возможная сильная конкуренция со стороны других игр, пользовавшихся большим спросом у геймеров и тоже выходивших в этом же году.
К 2005г концепция игры претерпела сильные изменения. Многие из первоначальных идей были урезаны, среди которых были такие, как: полная симуляция жизни. Были изменены некоторые персонажи и локализации, добавлены загрузочные зоны. В игре было очень много багов, потому началась активная работа по их устранению.
В 2006г команда разработчиков подверглась сокращению, только те, кто отличался большой преданностью проекту и высокой стойкостью, смогли продолжить работу. Некоторое время спустя в интернете можно было увидеть ролики с геймплеем и бета-версию игры. Офис компании, работающей над созданием игры, стал пользоваться популярностью у журналистов. И наконец, была объявлена дата выхода игры в свет – март 2007г. На этот раз разработчикам удалось сдержать обещание, и игра смогла выйти в мир в точно назначенный день.