Линия сюжета в третьей Mass Effect сохранена. Действующие лица: командор Шепард с напарниками. Все начнется с посещения ими вновь Цитадели. Ведущий сценарист проекта сообщает, что миссии, доступные игрокам в третьей части, планировалось включить в часть вторую, но по невыясненным причинам BioWare не оставалось ничего другого, как вырезать их из игры.
В новой третьей части оригинальной фантастической саги справедливость восстановлена, и миссии возвращены в проект. Много проблем получили разработчики от того, что написано было несколько концовок каждой части игры. Трудно было достичь компромисса с режиссерами игры и выбрать единственно верную концовку. Mass Effect имела все шансы закончиться второй частью, если бы не сценарист, вовремя вспомнивший, что запланировал игру в виде трилогии. Персонажи были спасены от гибели и появились в третьей части.