Спустя две недели после событий оригинальной истории, наш персонаж просыпается в лечебнице Цитадели Братства Стали. Из разговора со старейшиной он узнает, что очиститель работает, а территорию контролирует Братство Стали и гигантский робот Либерти Прайм. Но у Анклава еще есть силы, говорит старейшина и просит нашего героя принять участие в ликвидации оплота врага. Далее дела идут резко наперекосяк: робот гибнет, а над Пустошью нависает угроза орбитальной бомбардировки. Спастись можно лишь захватив терминал управления – это и есть задача героя.